当前，国内HIS建设主要存在以下三种模式：医院自己开发软件(或与人合作开发)、医院请人开发软件和医院购买商品化软件。其中，购买商品化软件仍然是主流的HIS建设模式。
不过，在购买商品化HIS软件方面，HIS厂商和医院间也存在着矛盾：一方面，HIS厂商总希望把HIS做成“通用”产品，希望能满足“所有”医院的需求，尽量不做客户化修改或者少修改。因为对于大型HIS系统而言，任何修改都非常困难，不但影响系统的稳定性，还会延长实施周期，增加成本;另一方面，医院总是希望HIS公司能按照医院的管理模式开发、修改软件，进行定制化开发，尽量满足医院现行的管理模式，希望HIS按工程来做。
定制化开发掣肘医院和HIS厂商
HIS产品从研发到实施，是一个非常复杂的过程，特别是在实施环节。因为市场上了解HIS产品实施的工程师非常少，所以实施是令各大HIS厂商特别头疼的一个难题。现如今，医院方通常对HIS厂商现有的产品不满意，通常希望它们能根据医院自身业务流程对HIS产品进行定制开发。在当前竞争非常激烈的HIS市场，各大厂商为了拿下单子使出浑身解数，其中之一就是为医院进行定制化开发。
不过，定制化开发过程说易行难。通常销售应允医院进行定制化开发，但是实施的时候又困难重重，通常会导致HIS厂商的销售和实施互相推诿责任，致使项目又停滞不前，耽误了项目上线，医院方又表达不满。有时候这会形成一个死循环，医院和HIS厂商都成为受害者。
网友众说纷纭
对于这个问题，网友也莫衷一是：有的网友认为HIS是项目;有的网友甚至认为是医院需求不明晰才导致的这种局面。
@雨晨663525：需求不一样。
@rampike：计划经济与市场经济，哪一个?
@wming：最终是钱的问题，用户不想支付费用，却想享受定制化的服务是主因。
@zhaochengx：工程，而且还是复杂的工程，道道流程繁琐，能把一个HIS做的口碑好是非常不容易的。
@zxmnz：HIS是工程，是系统工程，不仅仅是软件。
@luowei134：项目、项目集、项目组合。
@mouse：项目是个筐，啥它都能装。
@allenj0928：操作系统是产品，应用系统是工程。
@Kobayashi：现在中国的行情就是这样的，永远都是按照客户的要求在定制软件。
@gangwan：HIS不是产品，HIS是项目，要立项，要选型，有大量个性化需求，交付周期长，涉及医院人员多。
@cpplab：不需要改为产品，需要改为工程。很多医院需求不清晰，或凭空想象、或受历史影响，如果有HIS开发经验的人应该说服用户，使他们朝着科学管理方向发展。
@taiziyu：我觉得是工程。
@李秀平：HIS买的时候是产品，实施起来是工程。
【HIS观点】：HIS产品的实施是一个非常复杂的过程，如果HIS厂商为医院进行定制化开发，那么必然又要投入一定的人力、物力，这也使它们的利润进一步变薄。不过反过来说，正是当前市场上的HIS产品存在各种问题，医院才要求HIS厂商根据其业务流程定制化开发，否则HIS是根本不能用的。或者随着HIS产品和市场进一步成熟，这样的现象会有所改观。我们期待着!!!